Kan kanserleri ve bazı kan hastalıklarında tanı koymak, hastalığın seyrini öngörmek ve doğru tedaviyi seçmek artık büyük ölçüde hastalıklı hücrelerin genetik yapısına bakılarak yapılıyor. Bunun en güçlü araçlarından biri NGS testidir. NGS, İngilizce “next-generation sequencing” ifadesinin kısaltmasıdır ve Türkçede yeni nesil dizileme olarak bilinir. Bu yazıda hematolojide NGS genetik testine hangi durumlarda ihtiyaç duyulduğunu, testin bize neler sağladığını ve sonucun nasıl yorumlandığını anlatıyoruz.
NGS testi nedir?
NGS, tek bir örnekte onlarca hatta yüzlerce genin aynı anda okunmasını sağlayan bir genetik test yöntemidir. Eski yöntemlerde her gen için ayrı bir test yapmak gerekirken, NGS ile hastalıkla ilişkili gen grubu (gen paneli) tek seferde incelenir.
Hematolojide NGS testi çoğunlukla kemik iliği veya kan örneğinde, hastalıklı hücrelerde yaşam boyunca sonradan kazanılmış (somatik) mutasyonları araştırmak için yapılır. Bu mutasyonlar anne-babadan geçmez ve çocuklara aktarılmaz. Daha az sıklıkla ise kalıtsal (germline) bir yatkınlığı araştırmak için kullanılır; bu durumda test ve yorumlama farklı planlanır.
NGS testine ne zaman ihtiyaç vardır?
NGS testi her kan tahlili anormalliğinde gerekmez. Asıl olarak aşağıdaki durumlarda, hematoloğun değerlendirmesi sonucunda istenir:
Akut miyeloid lösemi (AML)
Tanı anında yapılması standarttır. FLT3, NPM1, TP53, RUNX1, ASXL1 ve CEBPA gibi genlerdeki değişiklikler hastalığın risk grubunu, hedefe yönelik ilaç kullanılıp kullanılmayacağını ve nakil kararını belirler. FLT3 ve NPM1 gibi acil sonuç gereken genler, tedavinin gecikmemesi için çoğu zaman hızlı testlerle ayrıca bakılır. AML hakkında daha fazla bilgi
Miyelodisplastik sendrom (MDS)
SF3B1 veya TP53 gibi mutasyonlar bazı MDS alt tiplerini doğrudan tanımlar. Moleküler risk skoru IPSS-M, 31 genin sonucunu hesaba katarak hastalığın seyrini daha doğru öngörür ve tedavinin yoğunluğunu belirlemeye yardımcı olur. Hekimler için IPSS-M hesaplayıcısı. MDS hakkında daha fazla bilgi
Miyeloproliferatif hastalıklar
Esansiyel trombositoz, polisitemi vera ve miyelofibrozis tanısında JAK2, CALR ve MPL genleri genellikle daha basit testlerle bakılır. NGS; bu üç genin de negatif olduğu hastalarda ve miyelofibroziste ASXL1, EZH2, SRSF2 gibi yüksek riskli mutasyonları araştırarak nakil kararına yardımcı olmak için kullanılır. Bu mutasyonlar MIPSS70+ skorunda da yer alır.
Açıklanamayan kan değeri düşüklükleri
Nedeni bulunamayan, uzun süren anemi, lökosit veya trombosit düşüklüğünde NGS, kemik iliğinde “klonal” bir süreç olup olmadığını göstermeye yardımcı olur. Tek başına tanı koydurmaz; kemik iliği incelemesiyle birlikte değerlendirilir.
Kronik lenfositik lösemi ve lenfomalar
KLL‘de TP53 mutasyonu, tedaviye başlamadan önce ve her yeni tedavi basamağında araştırılır; çünkü ilaç seçimini değiştirir. Bazı lenfoma türlerinde (örneğin Waldenström makroglobulinemisinde MYD88) belirli mutasyonlar tanıyı destekler.
Nakil planlaması ve ailesel yatkınlık
DDX41, RUNX1, CEBPA ve GATA2 gibi genlerde kalıtsal bir değişiklik saptanırsa, kemik iliği naklinde kardeş donörün de test edilmesi gerekir. Genç yaşta lösemi veya MDS gelişen ya da ailesinde benzer hastalık öyküsü olan hastalarda bu ihtimal mutlaka değerlendirilir.
Doğuştan (kalıtsal) kan hastalıkları
Nedeni bulunamayan kalıtsal hemolitik anemiler, çocukluk çağından beri süren trombosit düşüklükleri ve kemik iliği yetmezliği sendromlarında geniş gen panelleri kesin tanıya ulaşmayı sağlayabilir.
NGS testi bize neler sağlar?
- Doğru tanı ve sınıflamaDünya Sağlık Örgütü (WHO 2022) ve Uluslararası Konsensus (ICC 2022) sınıflamalarında birçok hastalık artık genetik değişikliklere göre tanımlanıyor.
- Kişiye özel risk belirlemeAynı tanıyı alan iki hastanın seyri, taşıdıkları mutasyonlara göre çok farklı olabilir. ELN 2022 (AML) ve IPSS-M (MDS) gibi skorlar bu bilgiye dayanır.
- Tedavi seçimiFLT3, IDH1, IDH2 veya NPM1 gibi mutasyonlar, bu değişiklikleri hedefleyen hedefe yönelik ilaçların kullanılabilmesini sağlar.
- Nakil kararı ve donör seçimiYüksek riskli mutasyonlar nakil gerekliliğini ortaya koyar; kalıtsal bir değişiklik ise akraba donör seçimini etkiler.
- Tedavi yanıtının izlenmesiBazı hastalıklarda (örneğin multipl miyelom ve akut lösemiler) NGS tabanlı ölçümle, mikroskopta görülemeyecek kadar az kalan hastalık (MRD) takip edilebilir.
- Klinik araştırmalara uygunlukBelirli mutasyonlara yönelik geliştirilen yeni ilaçların klinik araştırmalarına katılabilmek için çoğu zaman NGS sonucu gerekir.
NGS testi nasıl yapılır?
- Örnek alınmasıÇoğunlukla kemik iliği aspirasyonu sırasında alınan örnek kullanılır. Kanda yeterli hastalıklı hücre varsa periferik kan da yeterli olabilir.
- DNA (gerekirse RNA) elde edilmesiÖrnekteki hücrelerden genetik materyal ayrıştırılır.
- DizilemePaneldeki genler cihazda binlerce kez okunur.
- Biyoinformatik analizOkumalar bilgisayar ortamında referans dizilimle karşılaştırılır ve farklılıklar belirlenir.
- Raporun yorumlanmasıSaptanan değişiklikler, hastanın kliniği, kemik iliği bulguları ve kromozom analiziyle birlikte hematolog tarafından yorumlanır.
Sonuçlar genellikle 1-3 hafta içinde çıkar; bu süre laboratuvara ve panelin kapsamına göre değişebilir.
NGS sonucu nasıl yorumlanır?
NGS raporunda her mutasyon için bir varyant allel frekansı (VAF) yazılır. VAF, o gen bölgesini okuyan dizilerin yüzde kaçında değişiklik görüldüğünü gösterir ve mutasyonu taşıyan hücrelerin oranı hakkında fikir verir.
- Yüksek VAF, değişikliğin hastalığın ana hücre grubunda bulunduğunu düşündürür.
- %50 civarında veya çok yüksek VAF bazen değişikliğin kalıtsal olabileceğine işaret eder. Bu durumda kan dışı bir dokudan (örneğin deri) doğrulama testi gerekebilir.
- Düşük VAF’lı tek bir mutasyon, özellikle ileri yaşta, kansere dönüşmemiş “klonal hematopoez” (CHIP) ile ilişkili olabilir. 70 yaş üzerindeki kişilerin önemli bir kısmında görülür ve tek başına hastalık anlamına gelmez.
- Önemi belirsiz varyant (VUS), bugünkü bilgilerle hastalığa katkısı bilinmeyen değişikliklerdir; tedavi kararı bunlara göre verilmez.
Sonucunuzu tek başına yorumlamayın. Aynı mutasyon, bir hastada tedaviyi değiştirirken başka bir hastada anlamsız olabilir. NGS raporu mutlaka kliniğiniz ve diğer testlerinizle birlikte hematoloğunuz tarafından değerlendirilmelidir.
NGS testinin sınırlılıkları
NGS güçlü bir araçtır, ancak diğer testlerin yerini almaz. Kemik iliği incelemesi, akım sitometri ve kromozom analizi (karyotip, FISH) hâlâ gereklidir; çünkü bazı büyük kromozom değişiklikleri ve gen birleşmeleri standart DNA panelleriyle saptanamayabilir. Panelin içermediği genlerdeki değişiklikler görülmez ve çok düşük oranlardaki mutasyonlar yakalanamayabilir. Ayrıca NGS, sağlıklı kişilerde tarama testi olarak önerilmez.
Sık sorulan sorular
NGS testi kalıtsal hastalık testi midir?
Hematolojide NGS testi çoğunlukla kemik iliği veya kandaki hastalıklı hücrelerde sonradan kazanılmış mutasyonları araştırır; bu mutasyonlar kalıtsal değildir. Kalıtsal bir yatkınlıktan şüphelenilirse ayrı bir test ve genetik danışmanlık planlanır.
NGS testi için kemik iliği biyopsisi gerekir mi?
Çoğu durumda kemik iliği aspirasyon örneği kullanılır. Kanda yeterli sayıda hastalıklı hücre bulunan bazı hastalarda periferik kan örneği de yeterli olabilir.
NGS sonuçları ne kadar sürede çıkar?
Sonuçlar genellikle 1-3 hafta içinde çıkar. Akut lösemide acil karar gerektiren genler, tedavinin gecikmemesi için hızlı testlerle ayrıca incelenir.
Raporumda mutasyon saptandı, bu kanser olduğum anlamına mı gelir?
Hayır, tek başına gelmez. Özellikle ileri yaşta düşük oranlı mutasyonlar sağlıklı kişilerde de görülebilir. Mutasyonun anlamı, kan değerleri ve kemik iliği bulgularıyla birlikte hematolog tarafından değerlendirilir.
NGS testi herkese yapılmalı mı?
Hayır. NGS bir tarama testi değildir; lösemi, MDS, miyeloproliferatif hastalıklar veya açıklanamayan kan değeri bozuklukları gibi belirli durumlarda hematoloğun değerlendirmesiyle istenir.
NGS sonucunuzun değerlendirilmesi
Genetik test sonucunuzu anlamak, tedavi seçeneklerinizi veya nakil kararınızı değerlendirmek istiyorsanız raporlarınızla birlikte ulaşabilirsiniz. Şehir dışındaysanız online danışmanlık seçeneğinden yararlanabilirsiniz.
Bu yazı genel bilgilendirme amaçlıdır; tanı ve tedavi yerine geçmez. Sağlık durumunuzla ilgili kararlar için hekiminize başvurunuz.
Kaynaklar
- Döhner H, et al. Diagnosis and management of AML in adults: 2022 recommendations from an international expert panel on behalf of the ELN. Blood. 2022;140(12):1345-1377. PubMed
- Bernard E, et al. Molecular International Prognostic Scoring System for Myelodysplastic Syndromes. NEJM Evid. 2022;1(7). PubMed
- Khoury JD, et al. The 5th edition of the World Health Organization Classification of Haematolymphoid Tumours: Myeloid and Histiocytic/Dendritic Neoplasms. Leukemia. 2022;36:1703-1719. PubMed
- Arber DA, et al. International Consensus Classification of Myeloid Neoplasms and Acute Leukemias. Blood. 2022;140(11):1200-1228. PubMed
- Hallek M, et al. iwCLL guidelines for diagnosis, indications for treatment, response assessment, and supportive management of CLL. Blood. 2018;131(25):2745-2760. PubMed
Doç. Dr. Mahmut Bakır Koyuncu, Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi (İngilizce Tıp) mezunudur. İç Hastalıkları uzmanlık eğitimini ve ardından Hematoloji yan dal uzmanlığını Mersin Üniversitesi’nde tamamlamıştır. 2008’de MD Anderson Kanser Merkezi’nde (Houston) moleküler biyoloji ve genetik alanında çalıştı. 2020’de Weill Cornell Medicine / New York-Presbyterian Hastanesi’nde (New York) kemik iliği nakli ve CAR-T hücre tedavileri alanında çalıştı. Türkiye’de Mersin Üniversitesi Hematoloji Bilim Dalı, Mersin Şehir Hastanesi ve Adana Şehir Hastanesi Hematoloji ve Kemik İliği Nakil Ünitesi’nde hematoloji uzmanı olarak çalışmıştır. Haziran 2023’ten Eylül 2025’e kadar Mersin Medical Park Hastanesi’nde çalıştı. Eylül 2025’ten bu yana Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Hematoloji bölümünde öğretim üyesi olarak çalışmaktadır.
